Bereits 1942, inmitten des Zweiten Weltkriegs, kamen die Regierungen der europäischen Länder, die dem nationalsozialistischen Deutschland und seinen Verbündeten gegenüberstanden, in England zur Konferenz der Alliierten Erziehungsminister zusammen. Zwar war der Krieg noch längst nicht vorüber, doch überlegten diese Länder bereits, wie sie ihre Bildungssysteme wieder aufbauen könnten, sobald Frieden eingekehrt war. Sehr rasch gewann das Projekt an Dynamik und erlangte eine universelle Dimension.

Am Ende der Konferenz unterzeichneten 37 dieser Staaten die Verfassung, welche die Geburtsstunde der UNESCO unter der Bezeichnung «Organisation der Vereinten Nationen für Erziehung, Wissenschaft und Kultur» darstellte. Die Verfassung trat 1946 nach der Ratifikation durch 20 Staaten in Kraft. Die erste Tagung der Generalkonferenz fand vom 19. November bis 10. Dezember 1946 in Paris statt.

Die politische Spaltung, die sich nach dem Zweiten Weltkrieg vollzog, prägte auch die Liste der Gründungsmitglieder der UNESCO. Japan und die Bundesrepublik Deutschland traten erst 1951 bei; Spanien wurde 1953 aufgenommen. Andere wichtige historische Tatsachen wie der Kalte Krieg, der Prozess der Entkolonialisierung und die Auflösung der Sowjetunion blieben für die UNESCO ebenfalls nicht ohne Folgen. Die Sowjetunion wurde 1954 Mitglied, jedoch 1992 von der Russischen Föderation sowie 12 ehemaligen Sowjetrepubliken abgelöst. In den 1960er-Jahren traten 19 afrikanische Staaten bei.

Die Volksrepublik China ist seit 1971 die einzige rechtmässige Vertreterin Chinas in der UNESCO. Die Deutsche Demokratische Republik, seit 1972 Mitglied, vollzog 1990 die Wiedervereinigung mit der Bundesrepublik Deutschland.

Im Laufe der Jahre zogen sich einige Länder aus politischen Gründen aus der Organisation zurück, sind heute jedoch alle wieder Mitglied. Zwischenzeitlich ausgetreten waren Südafrika (1957–1994), die USA (1985–2003), das Vereinigte Königreich (1986–1997) und Singapur (1986–2007).

Meilensteine der Geschichte:

2017: Die Generalkonferenz wählt Audrey Azoulay (Frankreich) zur elften Generaldirektorin der UNESCO.

2009: Die Generalkonferenz wählt Irina Bokova (Bulgarien) zur zehnten Generaldirektorin der UNESCO. Sie ist die erste Frau in diesem Amt seit der Gründung der Organisation im Jahr 1945.

2001: Die Generalkonferenz verabschiedet die Allgemeine Erklärung der UNESCO zur kulturellen Vielfalt.

1998: Die 1997 von der UNESCO ausgearbeitete und angenommene Allgemeine Erklärung über das menschliche Genom und Menschenrechte wird von der UNO-Generalversammlung gebilligt.

1992: Gründung des Programms «Memory of the World» zur Bewahrung wertvoller Buchbestände und Archivsammlungen. Heute werden auch Ton-, Film- und Fernsehdokumente erfasst.

1990: Die Weltkonferenz «Bildung für alle» in Jomtien (Thailand) setzt eine globale Bewegung zur Förderung der Grundbildung für alle Kinder, Jugendlichen und Erwachsenen in Gang. Zehn Jahre später verpflichten sich die Regierungen am Weltbildungsforum in Dakar (Senegal), das Ziel der Grundbildung für alle bis 2015 zu erreichen.

1978: Die UNESCO verabschiedet die Erklärung über «Rassen» und rassistische Vorurteile. Spätere Berichte des Generaldirektors zum Thema haben den Zweck, Kritik an pseudo-wissenschaftlichen Rassismustheorien zu üben und sie zu widerlegen.

1975: Die Universität der Vereinten Nationen wird in Tokio unter dem Dach der UNO und der UNESCO gegründet.

1974: Papst Paul VI. verleiht der UNESCO den «Friedenspreis Papst Johannes XXIII.».

1972: Das Übereinkommen zum Schutz des Kultur- und Naturgutes der Welt wird angenommen. Das Komitee für das Erbe der Welt wird 1976 eingesetzt, und 1978 werden die ersten Stätten in die Liste des Erbes der Welt aufgenommen.

1968: Die UNESCO richtet die erste zwischenstaatliche Konferenz mit dem Ziel aus, Umwelt und Entwicklung miteinander in Einklang zu bringen; eine Thematik, die heute als «nachhaltige Entwicklung» bekannt ist. Dabei wird der Grundstein für das UNESCO-Programm «Der Mensch und die Biosphäre» (Man and the Biosphere, MAB) gelegt.

1960: Lancierung der Nubienkampagne in Ägypten, um den Grossen Tempel von Abu Simbel zu versetzen und dadurch seine Überflutung durch den Nil infolge des Baus des Assuan-Staudamms zu verhindern. Während der Kampagne, die 20 Jahre dauert, werden 22 Denkmäler und architektonische Elemente versetzt. Dies ist das erste und bedeutendste Projekt in einer Reihe von Kampagnen zur Rettung von Denkmälern, unter anderem in Mohenjo-Daro (Pakistan), Fès (Marokko), Katmandu (Nepal) und Borobudur (Indonesien) sowie der Akropolis in Athen (Griechenland).

1952: Eine von der UNESCO einberufene zwischenstaatliche Konferenz nimmt das Welturheberrechtsabkommen an. In den Jahrzehnten nach dem Zweiten Weltkrieg wurde dank des Abkommens der Schutz des Urheberrechts auf zahlreiche Staaten ausgeweitet, die zum damaligen Zeitpunkt nicht Vertragsparteien der Berner Übereinkunft zum Schutz von Werken der Literatur und Kunst (1886) waren.